Posle raspada Jugoslavije, originalni negativ filma „Plastični Isus“ (1971) je bio zagubljen dugi niz godina. Jugoslovenska producentska kuća „Centar film“, koja je posedovala prava na film, neposredno pre izbijanja rata poslala je negativ „Jadran filmu“ u Zagreb, sa ciljem da se izradi još nekoliko kopija. U međuvremenu je izbio rat, došlo je do odvajanja i stvaranja novih, nacionalnih, producentskih kuća i mnogi filmovi su ostali tamo gde su se u tom momentu zatekli. Autor je na početku rata pokušao da napravi novu 16mm kopiju filma, sa kojom bi mogao da nastupa na svetskim festivalima, ali mu to nije pošlo za rukom. Tako su se narednih godina za prikazivanje koristile stare kopije koje nisu bile u dobrom stanju. Posle oslobađanja filma i jugoslovenske premijere u Beogradu početkom 1991, film je prvi put u inostranstvu prikazan u Njujorku na prestižnom Robert Flaherty filmskom seminaru, da bi iste godine bio pozvan i na filmski festival u Montrealu, gde je osvojio nagradu žirija.
Konačno, posle završetka rata i raspodele imovine između novonastalih nacionalnih država, negativ filma „Plastični Isus“ je vraćen u Beograd i danas se nalazi u Jugoslovenskoj kinoteci, dok producentska kuća „Centar film“ poseduje i dalje prava na film. Početkom 2016, za potrebe prikazivanja filma u MoMA (Njujork), Jugoslovenska kinoteka je odlučila da uradi remasterizaciju filma i tom prilikom, u film je vraćena, 1972. godine isečena scena, koja se dugo smatrala izgubljenom. DeCuir objašnjava: "Prikazivanje arhivskih snimaka četnika i pesme o njima, moglo je biti smatrano ekstremnim izazovom u socijalističkoj Jugoslaviji. Sledeći set slika u ovoj montažnoj sekvenci učinio je ovo ubacivanje jos gorim, a Stojanovićev kritički pogled preteranim. Posle archivskog snimka četnika, Stojanović prikazuje kućni snimak svadbe Ljubiše Ristića (koji glumi u filmu) i Višnje Postić. Njihovi ocevi su generali vojske, i prisustvuju slavlju, zajedno sa drugim državnim zvaničnicima, koji su takođe jasno vidljivi na snimcima. Posledica asocijativne montaže je ideja da ovi zvaničnici mogu da se izjednače sa četnicima, ili, još gore, da jesu četnici. Izuzetna politička osetljivost ove scene se pokazala pogubnom za film. (DeCuir et al. 2011a, S. 213–232) Scena se nalazila pod posebnom zabranom i vraćena je od strane bezbednosnih službi Jugoslovenskoj kinoteci tek 2009. godine. DeCuir smatra da je sudbina ove scene “podsetnik do koje mere je opoziciona kritika u Jugoslaviji bila potisnuta, i kao opomena za moguću kaznu.” (Ibd.)
Nova restaurirana verzija iz 2016. je prva celovita verzija filma „Plastični Isus“ od njegovog nastanka. Film je tako prvi put u punom obimu javno prikazan u muzeju Moderne umetnosti u Njujorku u aprilu 2016. uz prisustvo autora.
